Gênesis 1:9 - Então Deus disse: “Que as águas abaixo dos céus se ajuntem num só lugar, e apareça a terra seca.” E assim se deu. (Formação da Terra Seca)

Claro que a superfície terrestre já existia abaixo das águas, mas estava coberta por elas. Com a criação da atmosfera e o início do processo de evaporação da água a quantidade de águas sobre a terra diminuiu e apareceu a terra seca. 

Nesse processo, possivelmente, Deus utilizou também os movimentos das placas tectônicas para fazer o solo subir da água, por assim dizer.

A gravidade terrestre fez com que naturalmente as águas escorressem para um só lugar e a terra seca ficou em apenas um local do planeta, o restante continuando a ser coberto pela água.

O interessante é que a ciência considera que no início existia um único continente na Terra, chamado Pangeia, e, portanto, de fato, as águas se ajuntavam em apenas um só lugar. Até hoje, mesmo com a deriva continental, da qual trataremos quando falarmos sobre Gênesis 6, as águas ainda se ajuntam em um só lugar.

Veja sobre o que a ciência já descobriu sobre o único continente original chamado Pangeia no link:

https://educacao.uol.com.br/disciplinas/geografia/deriva-continental-pangeia-deu-origem-aos-continentes.htm

Sobre as alegações da data da divisão dos continentes consideraremos em Gênesis 6.